Skip to ContentSkip to Navigation
Over ons Actueel Evenementen Promoties

Exploring next-generation sequencing in clinical microbiology

Identification, characterization and typing of pathogens
Promotie:Mw. N. (Nilay) Peker
Wanneer:23 mei 2022
Aanvang:09:00
Promotors:prof. dr. B.N.M. (Bhanu) Sinha, prof. dr. J.W.A. (John) Rossen
Copromotor:dr. N. Monge Gomes do Couto
Waar:Academiegebouw RUG
Faculteit:Medische Wetenschappen / UMCG
Exploring next-generation sequencing in clinical microbiology

Gebruik van Next-Generation Sequentie (NGS) technologie voor detectie van pathogenen

Voor de bestrijding en preventie van infecties is het van essentieel belang om ziekmakende pathogenen snel en nauwkeurig te detecteren. Next-generation sequentie (NGS) technologie heeft dit de laatste jaren steeds beter mogelijk gemaakt, omdat deze techniek gedetailleerde genetische informatie kan geven. Om deze data te analyseren heb je echter wel goede methodes nodig. In dit proefschrift onderzocht Peker daarom de toepassing van verschillende NGS-benaderingen in de kliniek en evalueerde ze de bijbehorende bio-informatica tools.

Peker keek onder andere naar NGS-methoden die gebruikt konden worden voor de diagnose van bloedstroom infecties en Escherichia coli uitbraken. In beide gevallen bleek de NGS methode de diagnose te optimaliseren, en de amplicon-gebaseerde methode bleek in het tweede geval snel in staat om positieve monsters te identificeren. 

Vervolgens evalueerde Peker de bio-informatica tools die nu worden gebruikt om het genoom van Myobacterium tuberculose te analyseren. Hieruit bleek dat met name short-read sequentiegegevens robuuste en nauwkeurige gegevens opleverde. Voor de detectie van bacteriesoorten in de 16S-23S rRNA regio bleek een aanpak van de novo assemblage gevolgd door BLAST de beste resultaten te geven. 

Tot concluderen de onderzoekers dat metagenomische NGS-technieken het potentieel hebben om een kosteneffectieve techniek binnen de routinediagnostiek te worden, en Peker toonde de bruikbaarheid van deze techniek aan in verschillende testen.