Mastering data pre-processing for accurate quantitative molecular profiling with liquid chromatography coupled to mass spectrometry
| Promotie: | Dhr. V. Mitra |
| Wanneer: | 03 juli 2017 |
| Aanvang: | 09:00 |
| Promotors: | P.L. (Peter) Horvatovich, Prof, prof. dr. R.P.H. Bischoff, prof. dr. A.K. Smilde |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Science and Engineering |
Methodes verwerking LC-MS/MS-data voor proteomicsexperimenten
Identificatie van verstoringen in biologische systemen is de hoeksteen van biomedisch onderzoek. Het meten van veranderingen op het moleculaire niveau heeft het mogelijk gemaakt biomedisch onderzoek te begrijpen van belangrijke fysiologische en moleculaire mechanismen in levende systemen. Proteomics laat de analyse van deze systeemniveau moleculaire veranderingen en interacties toe in complexe biologische monsters.
Gegevensafhankelijke acquisitie (DDA) is de meest gebruikte aanpak voor het uitgebreide profileren van eiwitten en metaboliet in bottom-up proteomics experimenten die zijn verkregen met behulp van LC-MS / MS. Het proefschrift van Vikram Mitra beschrijft nieuwe kwaliteitsbeoordelingsmethoden die gebruikt worden om orthogonaliteit te bestuderen in het retentietijddomein (scheidingsdimensie) en vitale pre-analytische factoren die de ionenintensiteit (uitleesdimensie) van LC-MS / MS datasets beïnvloeden.
Dus volgende opmerkingen vormen de hoofddoelen van het proefschrift
- Samenvatting van diverse gegevensvoorbereidende stappen die betrokken zijn bij de behandeling van labelvrije LC-MS (/ MS) datasets, verkregen voor een typisch proteomics experiment.
- Beschrijf het MS1-stadium van een LC-MS (/ MS) dataset als tweede-orde tensor (driedimensionale data). Bespreek verschillende fysio-chemische oorsprong en effecten vanOrthogonaliteit in de twee scheidingsafmetingen (m / z en retentietijd) en uitlezingDimensie (ionintensiteit).
- Presentatie van een kwaliteitsbeoordelingsbenadering, die orthogonaliteit in de retentietijddimensie voor een paar LC-MS (/ MS) chromatogrammen evalueert na correctieVan monotone verschuivingen.
- Propositie van een methode om ongeëvenaarde spectra te annoteren op basis van het begrip "identificatieoverdracht" na correctie van monotone verschuivingen tussen datasets enBeoordeel de FDR geassocieerd met bijpassende functies op basis van retentietijd en m / z-coördinaten tussen datasets.
- Toepassing van Anova-Simultaneous Component Analysis (ASCA) om te bepalen welke pre-analytische factoren het ionintensiteitsdomein van LC-MS-eigenschappen beïnvloeden.